Homologe Chromosomen paaren sich während der Mitose nicht, daher besteht keine Möglichkeit für ein Crossover. Das Crossover zwischen Nicht-Schwesterchromatiden homologer Chromosomen tritt bei der Meiose während der Prophase I auf.
Während der Mitose duplizieren sich die Chromosomen, was zu identischen Schwesterchromatiden in der Prophase führt. Diese richten sich dann während der Metaphase in der Mitte der Zelle aus und werden während der Anaphase und Telophase durch Spindelfasern auseinander gezogen, um an entgegengesetzten Polen der Zelle zu gelangen. Die Zellen werden dann getrennt, was zu zwei identischen Tochterzellen führt. Da diese Replikation zu identischen Zellen führen soll, werden keine Nicht-Schwesterchromatiden gebildet, und ein Crossing-Over kann nicht auftreten. Das Crossing-Over findet während der Mitose nicht innerhalb des einzelnen Chromosoms statt, sondern während der Meiose zwischen zwei einzelnen Schwesterchromatiden von zwei verschiedenen Chromosomen.
Vor der Prophase I der Meiose enthält das Oogonium diploide Chromosomen, aber tetraploide DNA, wobei jedes Chromosom aus zwei Schwesterchromatiden besteht. Während der Prophase I richten sich die beiden Chromosomen aus (zwei Sätze identischer Schwesterchromatiden), und das Crossing-Over erfolgt an einem Chiasma zwischen zwei Nicht-Schwesterchromatiden. Die Ausrichtung dieser beiden Chromosomenpaare ist für das Crossover notwendig, während bei der Mitose nur die Ausrichtung und anschließende Sektion einzelner duplizierter Chromosomen erforderlich ist.
