Die Zelle wurde 1665 von Robert Hooke entdeckt, als er dünne Scheiben eines Korkens mit einem Mikroskop untersuchte. Was er sah, waren keine lebenden Zellen, sondern unbelebte Zellwände. Hooke benutzte angeblich das Wort "Zellen" für das, was er sah, weil der Korken ihn an Klosterzellen erinnerte.
Im Jahr 1674 war Antonie van Leeuwenhoek die erste Person, die Bakterien, Hefen und die verschiedenen Organismen, die in nur einem kleinen Tropfen Wasser gefunden wurden, mit einem Mikroskop sah. Leeuwenhoek wird oft als Vater der Mikroskopie bezeichnet. Die Entdeckungen von Hooke und Leeuwenhoek veränderten die wissenschaftliche Theorie vom Vitalismus zur Zelltheorie.