Shiba Inu-Hunde sind nicht hypoallergen. Hypoallergene Hunde produzieren Allergene in einer unter dem Normalwert liegenden Rate. Untersuchungen zeigen jedoch, dass solche Hunderassen möglicherweise nicht existieren.
Es ist von keinem Hund bekannt, dass er vollständig hypoallergen ist. Einige Hunde werden jedoch als allergenärmer oder als verträglicher für Allergiker beworben, da sie ein Fell haben, das keine allergieauslösenden Substanzen anzieht. Obwohl die Allergenkonzentrationen von Hund zu Hund variieren, hängt diese Abweichung nicht von der Rasse des Hundes ab.
Shiba Inu-Hunde haben ein doppeltes Fell mit einem geraden, steifen Oberteil und einem weichen, dicken Hinterteil. Die Haare im Gesicht, an den Ohren und an den Beinen sind kurz und glatt.