Eichhörnchen haben eine relativ typische Nagetieranatomie, da sie lange Schwänze, vier Gliedmaßen und große Schneidezähne haben. Außer ihren großen Vorderzähnen haben ausgewachsene Eichhörnchen 20 weitere Zähne, mit denen sie Nahrung kauen können. Die Zähne von Eichhörnchen wachsen ständig, und die ständige Nagetätigkeit der Eichhörnchen hilft, dass die Zähne nicht zu groß werden. Eichhörnchen haben vier Zehen an jedem Vorderfuß, während ihre Hinterfüße fünf Zehen haben.
Eichhörnchen sind mit dickem Fell bedeckt, das hilft, Verletzungen zu vermeiden und sie vor Kälte zu isolieren. Da das Fell normalerweise braun, grau oder schwarz ist, hilft es ihnen außerdem, sich vor Raubtieren zu verstecken. Einige Eichhörnchen haben pelzige Büschel an den Ohren, obwohl die Funktion oder der Zweck der Büschel nicht verstanden wird. Eichhörnchen haben lange, buschige Schwänze, die ihnen helfen, beim Klettern durch Bäume das Gleichgewicht zu halten. Außerdem benutzen Eichhörnchen ihre Schwänze zur Kommunikation.
Im Inneren haben Eichhörnchen eine ähnliche Anatomie wie die meisten anderen Wirbeltiere. Ihr Mund führt zu ihrer Speiseröhre und Luftröhre, die mit dem Magen bzw. der Lunge verbunden sind. Der Magen ist mit dem Dünndarm verbunden, der wiederum mit dem Dickdarm verbunden ist. Außerdem besitzen Eichhörnchen ein Gehirn, eine Leber, Nieren, eine Bauchspeicheldrüse, eine Milz, eine Gallenblase und Fortpflanzungsorgane.
