Berylliumchlorid ist ein unpolares Molekül. Die Form von BeCl2 ist linear, wobei das zentrale Beryllium auf beiden Seiten an ein Chloratom gebunden ist. Die Elektronegativitäten der Chloratome heben sich daher auf und hinterlassen ein unpolares Molekül.
Berylliumchlorid ist ein Beispiel für ein Molekül mit Elektronenmangel, da das Berylliumatom nur insgesamt vier Elektronen teilt, während Atome in den meisten kovalenten Molekülen acht Elektronen teilen. Normalerweise bilden Atome wie Beryllium, die sich in der ersten oder zweiten Gruppe des Periodensystems befinden, Ionenbindungen, die es ihnen ermöglichen, eine Edelgaskonfiguration zu erreichen, ohne Elektronen zu teilen. Beryllium ist jedoch deutlich elektronegativer als die meisten Atome dieser Gruppen, weshalb es kovalente Bindungen eingeht.
