Rote reife Tomaten gelten als sicheres Futter für Meerschweinchen, aber Meerschweinchen sollten nur die reifen Früchte verfüttert werden. Grüne Tomaten, Tomatenblätter und -stiele enthalten giftige Verbindungen, die Meerschweinchen krank machen können .
Unreife Tomaten und andere grüne Pflanzenteile enthalten Tomatin und Solanin. Tomatin ist ein giftiges Alkaloid, das in geringen Mengen auch in reifen Tomatenfrüchten vorkommt, aber in so geringen Mengen keine toxische Wirkung hat. In den höheren Mengen in grünen Tomatenpflanzenteilen kann es Krankheiten verursachen. Solanin ist das gleiche Toxin, das in Kartoffeln und anderen Pflanzen vorkommt, die mit Nachtschatten verwandt sind. Solanin ist für Meerschweinchen so giftig, dass es nicht empfohlen wird, ihnen Kartoffelschalen zu verfüttern. Reife Tomaten, insbesondere kleine Früchte wie Cherrytomaten, stellen keine Gefahr für Meerschweinchen dar und werden als Nahrungsbestandteil empfohlen.