Algen gehören aufgrund unterschiedlicher Evolutionsprozesse nicht in ein einziges Königreich, sondern in mehrere verschiedene. Zu diesen Königreichen gehören Kingdom Plantae, Kingdom Chromista und Kingdom Bacteria.
Es gibt drei Algenstämme, die durch die Farbe des Thallus unterschieden werden können. Algen im Stamm Ochrophyta sind braun, diejenigen im Stamm Rhodophyta sind rot und diejenigen im Stamm Chlorophyta sind grün. Neben der Farbe unterscheiden sich diese drei Gruppen erheblich in ihrer Struktur und biochemischen Zusammensetzung, wie Zellwände, Flagellen, Speicherverbindungen, Chloroplasten, photosynthetische Pigmente, Mitose und Zellverbindungen. Bisher wurden etwa 11.500 Algenarten entdeckt.
