Schimmel gehören zum Reich der Pilze. Dieses Königreich ist Teil des Klassifikationssystems der fünf Königreiche, das 1959 von R.H. Whittaker eingeführt wurde und Pilzen den gleichen Status wie Pflanzen und Tieren einräumte. Schimmelpilze sowie andere Pilze sind eukaryotische Organismen, die von Pflanzen und Tieren unterschieden werden.
Neben der Zugehörigkeit zum Reich der Pilze können Schimmelpilze in mehreren Pilzstämmen platziert werden, darunter Zygomycota, Ascomycota, Oomycota, Basidiomycota und Chytridiomycota. Zygomycota enthält einen Schimmelpilz, der auf Brot gefunden wird, der als Rhizopus stolonifera bekannt ist. Schwarze Schimmelpilze finden sich im Stamm Ascomycota. Oomyota enthält saprophytische Wasserschimmel und Tabak-Blauschimmel.
