Mikroskope werden in einer Vielzahl von Bereichen verwendet, um Objekte oder Organismen zu betrachten, die mit bloßem Auge nicht sichtbar sind. Diese Geräte sind in der Biologie und Medizin nützlich, um Proben wie Bakterien, Zellen und Körpergewebe zu untersuchen oder zu analysieren. Einige andere Verwendungen von Mikroskopen umfassen Tatortuntersuchungen, Mineralproben und chemische Materialien.
An Tatorten sammeln Forensiker Beweise, wie zum Beispiel Patronenhülsen, um sie unter einem Vergleichsmikroskop zu untersuchen. In der Geologie können Mineral- und Gesteinsproben unter einem Mikroskop untersucht werden, um ihre Zusammensetzung zu untersuchen. In der Chemie verschiedene Materialien, wie Metalle und atomare Struktur von Elementen.
In der Wissenschaft werden verschiedene Arten von Mikroskopen verwendet, darunter Verbund-, Dissektions-, Rasterelektronen- und Transmissionselektronenmikroskope. Die Bilder können je nach Mikroskop zwei- oder dreidimensional sein. Ebenso variiert die Vergrößerung bei verschiedenen Mikroskopen. Das Transmissionselektronenmikroskop stellt beispielsweise Bilder in 2D dar und hat sowohl eine hohe Vergrößerung als auch eine hohe Auflösung.