Archaebakterien bewegen sich, indem sie eine Form von Flagellum verwenden, um sich selbst anzutreiben. Diese Struktur ähnelt vage einem Schwanz, der vom Organismus abfällt, und ein Archaebakterium dreht es schnell, wie ein Bootspropeller, um sich zu bewegen.
Obwohl die Geißeln von Archaebakterien denen von typischen Bakterien ähneln, haben ihre Geißeln tatsächlich eine ganz andere Struktur und eine einzigartige Evolutionsgeschichte. Infolgedessen befürworten einige Wissenschaftler einen separaten Namen für das Anhängsel von Archaebakterien: ein Archaellum. Sowohl Flagellen als auch Archaellen funktionieren durch Rotation, die den Organismus vorwärts bewegt, was zur ursprünglichen Verschmelzung der beiden Strukturen führt. Im Jahr 2013 zeigte eine internationale Gruppe von Wissenschaftlern jedoch, dass die beiden Strukturen unterschiedliche genetische Ursprünge haben, wobei Archaella aus dem Protein FlaI hervorgeht.
Obwohl der Begriff Achaebakterien oft verwendet wird, unterscheiden sich diese Organismen von Bakterien. Der üblichere Begriff ist "Archaea". Diese beiden Organismen haben viele strukturelle Gemeinsamkeiten: Beiden fehlt ein echter Kern, sie haben nur ein einziges DNA-Molekül und haben starre Zellwände. Archaeen besitzen jedoch eine von Bakterien getrennte chemische Struktur und haben sich unabhängig voneinander entwickelt.
Archaea beziehen ihre Energie, indem sie sich von einer Vielzahl anorganischer Substanzen ernähren, darunter Schwefel, Wasserstoff und Kohlendioxid. Darüber hinaus synthetisieren Archaeen Energie mithilfe von Sonnenlicht. Der Prozess, durch den Archaeen Sonnenlicht in Energie umwandeln, unterscheidet sich jedoch von der Photosynthese in Pflanzen. Archaea führen Bakteriorhodopsin, ein Prozess, der es ihnen ermöglicht, die Grundlage einer separaten Energiekette zu bilden, die von Pflanzen und Tieren verwendet wird.