Die blaue Flaschenqualle lebt in tropischen Gewässern des Indischen Ozeans und der Karibik sowie vor der gesamten Küste Australiens. Die Quallen schwimmen nahe der Wasseroberfläche und werden oft an Land gespült.
Die blaue Flaschenqualle ist auch als portugiesischer Kriegsmann bekannt, ein Name, der sich auf die Ähnlichkeit der Qualle mit einem portugiesischen Segelschiff bezieht und nicht auf ihre Heimat. Portugal liegt zu weit im Norden, um als effektiver Lebensraum für blaue Flaschen zu dienen. Obwohl der geografische Teil des Namens irreführend ist, nutzen blaue Flaschen den Wind zum Reisen, genau wie Segelschiffe. Da sie ihre eigene Fortbewegung nicht antreiben, sind die Quallen häufiger in offenen Gewässern als in Buchten zu finden.