Eine Zygote enthält zwei Chromosomensätze, einen von jedem Elternteil. Die beiden Chromosomenpaare ergeben beim Menschen insgesamt 46 Chromosomen.
Eine Zygote ist das Endergebnis der Kombination zweier Geschlechtszellen. Dies geschieht während der Befruchtung, wenn eine Samenzelle des Männchens die Eizelle eines Weibchens befruchtet. Jede Geschlechtszelle enthält 23 Chromosomen. Chromosomen bestimmen das Geschlecht der Nachkommen. Die männliche Geschlechtszelle enthält entweder ein X oder ein Y, während die weibliche Zelle nur ein X-Chromosom hat. Wenn eine männliche Zelle eine weibliche Geschlechtszelle mit einem Y-Chromosom befruchtet, ist der Nachwuchs männlich.