Hunde haben 39 Chromosomenpaare, also insgesamt 78. Daraus ergeben sich 76 Autosomen und zwei Geschlechtschromosomen. Wie bei anderen Säugetieren ist der Karyotyp von Rüden XY, während der Karyotyp von Weibchen XX ist.
Obwohl Hunde 39 Chromosomenpaare haben (im Vergleich zu 23 Paaren beim Menschen), haben Hunde insgesamt weniger Gene. Forscher, die das Hundegenom sequenzieren, haben etwa 19.000 Hundegene identifiziert, verglichen mit 25.000 oder mehr Genen im menschlichen Genom. Obwohl Hunde 6.000 weniger Gene als Menschen haben, weisen sie eine Vielzahl von Phänotypen auf, von Tieren so groß wie eine Deutsche Dogge oder ein Bernhardiner bis hin zu Spielzeughunden, die nicht mehr als ein paar Pfund wiegen. Genetiker glauben, dass das Genom des Hundes im Vergleich zu den Genomen von Menschen und anderen Säugetieren besonders anfällig für Genduplikationen und Chromosomenumlagerungen ist.
