Weißkopfseeadler können bis zu fünf Eier legen, obwohl Gelege von ein bis drei Eiern viel häufiger vorkommen; Diese Eier haben typischerweise einen gemischten Bruterfolg, wobei der durchschnittliche Adler eine Brut von etwa zwei Küken hat. An einigen Orten wurden jedoch hohe Bruterfolgsraten gemeldet, die zu Bruten von drei oder vier Weißkopfseeadlerküken führen . Nistende Weißkopfseeadlerpaare neigen dazu, ihre Eier ständig zu überwachen, da Nesträuber wie Eichhörnchen und Raubvögel wie Raben und Möwen eindringen können.
Weißkopfseeadler-Eier sind für Vogeleier relativ groß und in der Größe mit einem Baseball vergleichbar. Diese Eier sind robust genug, um das Gewicht eines erwachsenen Weißkopfseeadlers zu tragen, und sie haben normalerweise eine weißliche oder cremefarbene Farbe. Erwachsene müssen nicht nur auf den Eiern sitzen, um Raubtiere abzuwehren, sondern auch um die Eier warm genug zu halten, um lebensfähig zu bleiben. In einigen Fällen machen Wetterereignisse dies unmöglich, und selbst die fleißigsten Weißkopfseeadler-Eltern können nach einem Kälteeinbruch mit nicht lebensfähigen Eiern enden. Die Eier werden etwas mehr als einen Monat lang bebrütet, bevor sie schlüpfen, und sowohl männliche als auch weibliche Adler teilen sich die Verantwortung, die Eier sicher und warm zu halten.