Eubakterien vermehren sich asexuell durch binäre Fusion. Die binäre Fusion ist eine vollständige Replikation des genetischen Materials der Bakterien, die dazu führt, dass sich eine Elternzelle in zwei identische Bakterienzellen teilt. Es kann schnell alle 20 Minuten bei einer Aufspaltung auftreten, was die erstaunliche Replikationsfähigkeit von Eubakterien erklärt.
Zu Beginn der binären Fusion wird das Erbgut einer Eubakterienzelle kopiert, sodass zwei Chromosomensätze entstehen. Diese beiden Chromosomenkopien wandern in getrennte Nukleotidregionen und die Plasmamembran beginnt zwischen den beiden Kopien zu wachsen. Sobald diese Kopien ihre ursprüngliche Größe verdoppeln, drückt sich die Plasmamembran zusammen und trennt die ursprüngliche Eubakterienzelle in zwei Tochterzellen. Diese beiden Tochterzellen sind unabhängig voneinander, können aber manchmal verbunden bleiben. Diese Verbindung ist es, was bei einigen Arten Kolonien bildet. Da die durch binäre Fusion hergestellten Zellen genetisch identisch sind, können sie leicht mit Antibiotika zerstört werden. Um dem entgegenzuwirken, rekombinieren Eubakterien durch Konjugation, Transduktion und Transformation.
Bakterien sind eine Art von Eubakterien, und einige besitzen die Fähigkeit, in ein Ruhestadium zu gelangen, das als "Spore" bezeichnet wird, in dem sie ruhen, bis bedrohliche Zustände vorüber sind. Sporen sind resistent gegen Hitze, starke Trockenheit, Strahlung und giftige Chemikalien.
