Der Hauptunterschied zwischen Prophase I und Prophase II ist der genetische Rekombinationsprozess, der während der Prophase I stattfindet, sich aber in der Prophase II nicht wiederholt. Während der Prophase I reihen sich die duplizierten homologen Paare aneinander und kreuzen sich über, das ist der Prozess, durch den die Chromatiden genetische Informationen austauschen. Da dieser Prozess während der Prophase I abläuft, muss er sich während der Prophase II nicht wiederholen.
Prophase I und II sind die ersten Stadien des zweiphasigen Meiose-Prozesses, bei dem es sich um die Zellteilung handelt, die für die Produktion der Geschlechtszellen oder Gameten verantwortlich ist, die die genetische Variation erzeugen. Die resultierenden Gameten enthalten jeweils die Hälfte des genetischen Materials der ursprünglichen Elternzelle. Laut Prentice Hall reihen sich während der Prophase I zwei Nicht-Schwesterchromatiden aneinander, um eine Tetrade zu bilden und genetische Informationen auszutauschen. Da jedes Nicht-Schwesterchromatid aus einer väterlichen Zelle und einer mütterlichen Zelle stammt, entsteht eine genetische Variation, wenn jede Zelle die andere überquert oder Informationen austauscht. Aufgrund der Dauer dieses Prozesses verbraucht Prophase I 90 Prozent der Zeit eines zweiteiligen Meioseprozesses; daher ist Prophase I erheblich länger als Prophase II.
Während der Prophase II, die während der zweiten Phase der Meiose, der sogenannten Meiose II, auftritt, bricht die Kernhülle zusammen und der Spindelapparat bildet sich. Dann beginnen die Chromosomen, in die Mitte der Zelle zu wandern. Diese Prozesse laufen auch während der Prophase I ab.
