Männer besitzen äußere Genitalien (Penis, Hodensack und Hoden) für die Produktion und Abgabe von Spermien, und Frauen besitzen innere Genitalien (Vagina, Gebärmutter und Eierstöcke) für die Produktion von Eizellen und die Entwicklung menschlicher Embryonen. Die meisten physiologischen Unterschiede zwischen Männern und Frauen entstehen aufgrund von Unterschieden im endokrinen System in kritischen Entwicklungsphasen, wie dem fetalen Wachstum und der Pubertät.
Die Funktionen des endokrinen Systems bei Männern und Frauen führen im Laufe des Lebens zu anderen physiologischen Unterschieden. Zum Beispiel produzieren Männer einen stärkeren und sichtbareren Haarfollikeltyp, der als Terminalhaare auf Brust, Bauch, Gesicht und Rücken bezeichnet wird. Frauen produzieren jedoch in weniger Bereichen des Körpers einen feineren Haarfollikel, genannt Vellushaare. Die Hormonproduktion im endokrinen System ist auch mitverantwortlich für die Entwicklung und die Unterschiede der Musterkahlheit bei Männern und Frauen.
Große Unterschiede gibt es auch im Skelett- und Muskelsystem bei Männern und Frauen. Typischerweise besitzen Männer dichtere, stärkere Sehnen, Bänder und Knochen als Frauen, und Männer haben im Allgemeinen mehr Muskelmasse. Dies führt zu Unterschieden in der Körperkraft und den Stoffwechselprozessen des Kalorienverbrauchs und der Kalorienspeicherung. Im Vergleich dazu besitzen Frauen typischerweise ein Skelettsystem, das weniger robust und glatter in der Struktur ist als das von Männern.