Der wissenschaftliche Name für den Weißkopfseeadler ist Haliaeetus leucocephalus. Der erste Teil des Namens, Haliaeetus, ist lateinisch für Seeadler und der zweite Teil, leucocephalus, bedeutet Weißkopf.
Obwohl er zu einer Gattung gehört, die mit den lateinischen Wörtern für Seeadler bezeichnet wird, ist der Weißkopfseeadler nicht ausschließlich an Meeresküsten zu finden. Weißkopfseeadler halten sich zwar in der Nähe von Wasser auf, aber sie bewohnen Gebiete in der Nähe von Flüssen oder Seen genauso oft wie eine Meeresküste. Der "glatzköpfige" Teil ihres gebräuchlichen Namens stammt aus dem Begriff Piebald, was bedeutet, dass sie mit zwei Farben, normalerweise schwarz und weiß, gepatcht ist. Obwohl sie wegen ihres weißen Kopfes Weißkopfseeadler genannt werden, liegt es daran, dass der weiße Kopf ihnen ein scheckiges Aussehen verleiht und nicht, weil sie eine Glatze zu haben scheinen.
