Die Eutrophierung eines aquatischen Ökosystems kann verlangsamt oder rückgängig gemacht werden, indem die Zufuhr von Nährstoffen in das System verlangsamt wird. Quellen für überschüssige Nährstoffe können physisch daran gehindert werden, in das betroffene Ökosystem einzudringen. Alternativ können diese Quellen behandelt werden, um Nährstoffe an einer Stelle stromaufwärts des betroffenen Ökosystems zu entfernen.
Gewässer werden durch eine Zunahme der verfügbaren Nährstoffe, am häufigsten Phosphor und Stickstoff, eutroph. Einige nährstoffreiche Abfallströme gelangen versehentlich in Seen und Flüsse; andere werden absichtlich deponiert, um unerwünschte Materialien zu entsorgen. Häufige Nährstoffquellen sind landwirtschaftliche Dünger und Düngemittel sowie kommunale Abwässer.
Landwirtschaftliche Praktiken wie reduzierte Bodenbearbeitung, reduzierte Düngergabe und Zwischenfruchtanbau tragen dazu bei, den Düngerabfluss zu minimieren. Zäune und vegetative Pufferzonen verhindern außerdem, dass Erde und wasserlösliche Düngemittel landwirtschaftliche Felder verlassen und in Seen und Bäche gelangen. Landwirtschaftliche Dungquellen, die ordnungsgemäß eingedämmt, behandelt und bewirtschaftet werden und die nicht direkt in Seen und Flüsse fließen, tragen zusätzlich dazu bei, die Eutrophierung zu verhindern. Es ist auch wichtig, dass Rinder und andere Nutztiere daran gehindert werden, in der Nähe von Bächen und Flüssen zu grasen oder diese zu überqueren. Ein privater Hausbesitzer kann die von ihm verwendete Rasendüngermenge reduzieren und phosphatarme Rasenpflegeprodukte verwenden.
