Der Tradition folgend, Planeten nach antiken römischen Göttern zu benennen, leitet Pluto seinen Namen vom römischen Gott der Unterwelt ab. Das Lowell Observatory benannte den Planeten nach dem Vorschlag der 11-jährigen Venetia Burney aus Oxford, England. Pluto erhielt seinen Namen offiziell am 24. März 1930.
Das Lowell-Observatorium hat über 1.000 vorgeschlagene Namen für den Planeten erhalten. Burney schlug den Namen zunächst ihrem Großvater vor, der den Vorschlag an einen Astronomen weitergab. Der Astronom Herbert Hall Turner gab den Namen an Astronomen des Lowell Observatory in Flagstaff, Arizona, weiter. Der Name Pluto wurde einstimmig aus einer Shortlist ausgewählt, die auch die vorgeschlagenen Namen Minerva und Cronus enthielt.
Plutos Monde sind nach Figuren benannt, die mit dem Gott Pluto in Verbindung stehen. Charon, der erste entdeckte Mond von Pluto, ist nach dem Bootsmann der römischen Unterwelt benannt, der die Seelen der Toten über den Fluss in die Unterwelt bringt. Die Jahrzehnte später entdeckten Monde Nix und Hydra sind nach Charons Mutter bzw. dem mehrköpfigen Wächter der Unterwelt benannt. Später entdeckte Monde werden nach Kerberos, einem dreiköpfigen Hund aus der griechischen Mythologie, und Styx, dem Namen des Flusses, über den Charon Seelen in die Unterwelt bringt, benannt.
Während Pluto der allgemein anerkannte Name des Planeten ist, verwenden einige Sprachen den Namen von Unterweltfiguren aus verschiedenen Traditionen. Einige ostasiatische Sprachen nennen den Planeten Meiosei. Auf Hindi wird der Planet Yama genannt, während auf Maori der Planet als Whiro bezeichnet wird.
