Männliche Seepferdchen gebären, indem sie ihre Jungen nach dem Schlüpfen ins Wasser entlassen. Befruchtete Eier werden während einer Tragzeit von 14 Tagen in einem Brutbeutel auf der Bauchseite des Tieres aufbewahrt bis vier Wochen.
Während der Paarung legt das Weibchen ihre Eier in den Beutel ab, die dann vom Männchen intern befruchtet werden. Die Anzahl der Eier reicht von 50 bis 150 bei kleineren Arten bis zu 1.500 bei größeren Seepferdchen. Seepferdchen sind insofern einzigartig, als sie sich lebenslang paarweise paaren und die einzige Tierart auf dem Planeten sind, bei der das Männchen die ungeborenen Jungen trägt.