Das Muskelsystem ist für die Steuerung der Skelettmuskulatur und der Muskeln der inneren Organe, einschließlich Herz, Magen und Darm, verantwortlich. Es verbindet sich mit dem Nervensystem und empfängt Input von efferenten Neuronen, wodurch es auf äußere oder innere Reize zu reagieren.
Die Skelettmuskeln sind durch Sehnen an den Knochen befestigt. Wenn sie das Signal vom Kleinhirn erhalten, sich zusammenzuziehen oder zu strecken, ziehen sie an der Sehne, die wiederum den Knochen zieht und die Extremität bewegt. Zu den Muskeln, die zum Heben eines Gegenstands mit den Armen verwendet werden, gehören beispielsweise der Bizeps und die Unterarmmuskulatur. Die Bizepssehne ist mit dem Unterarm verbunden. Wenn sich der Bizeps zusammenzieht, zieht die Sehne den Unterarm. Skelettmuskeln existieren normalerweise in Paaren, die sich gegenseitig ergänzen, wie das Bizeps-/Trizeps-Paar, die Quadrizeps-/Wadenmuskeln und mehr.
Im Gegensatz dazu sind glattes Muskelgewebe und Herzmuskel unfreiwillig. Ihre Funktionen werden von der Medulla gesteuert, die für lebenswichtige Funktionen wie den Herzschlag verantwortlich ist. Ein Beispiel für unwillkürliche Muskelaktionen ist die Expansion und Kontraktion des Zwerchfells. Dadurch kann sich die Lunge ausdehnen und Luft aufnehmen. Ein weiteres Beispiel ist die Peristaltik, die in der Speiseröhre und im Darm auftritt. Dies ist eine Kontraktionswelle, die die Nahrung durch den Verdauungstrakt bewegt.