Die Universität Wageningen erklärt, dass DNA-Basen nur mit einer anderen Base paaren, sodass die komplementäre DNA-Sequenz ausgelesen werden kann, indem jede Base durch ihr Komplement ersetzt und die Reihenfolge umgekehrt wird. Die komplementären Basenpaare sind A zu T und G zu C, also wird jedes G durch ein C ersetzt und so weiter.
Die Umkehrung der komplementären DNA-Sequenz ist Konventionssache. DNA-Sequenzen werden vom 5'-Ende ("fünf prime") zum 3'-Ende ("three prime") geschrieben, aber wenn die komplementäre Sequenz gegenüber der ursprünglichen DNA-Sequenz geschrieben wird, verläuft sie vom 3'- zum 5'-Ende.
Diese Technik kann auch verwendet werden, um die mRNA zu bestimmen, die von einem bestimmten Abschnitt der kodierenden DNA transkribiert wird. Der einzige Unterschied besteht darin, dass beim Schreiben einer RNA-Sequenz das T, Thymin, durch U, Uracil ersetzt wird. Typischerweise ist die RNA-Sequenz identisch mit dem kodierenden oder "Sinn"-Strang der DNA mit Ausnahme von U- statt T-Basen.
Komplementäre DNA oder cDNA kann sich auch auf einen DNA-Strang beziehen, der basierend auf einer mRNA-Sequenz synthetisiert wird, die aus einer Zelle oder einem Organismus entfernt wurde. Die Synthese von cDNA aus mRNA wird in molekularbiologischen Techniken verwendet, um nur mit der DNA arbeiten zu können, die für die Proteinsequenz kodiert, und nicht mit den Introns des Proteins.
