Die Anwendung von Fungiziden behandelt laut Garden Guides die Schwarzfleckenkrankheit bei Apfelbäumen. Fungizide sollten im Frühjahr verwendet werden, um die Ausbreitung der Krankheit zu verhindern. Schützende und heilende Fungizide sind zwei Hauptarten, die verwendet werden können.
Garden Guides erwähnt, dass Scala, Chorus und Dodine geeignete Schutzfungizide sind. Score, Systhane und Nustar sind primäre heilende Fungizide, die angewendet werden müssen.
SFGate erwähnt, dass Kalk-Schwefel-Fungizide die Schwarzfleckenkrankheit bei Apfelbäumen beseitigen und auch Pilzmikroben und Mehltau behandeln. Kalk-Schwefel-Fungizid beseitigt auch Schädlinge wie Milben. Es sollte am späten Abend oder am frühen Morgen verwendet werden, um ein Verbrennen der Blätter zu vermeiden, und das Fungizid sollte nicht bei Temperaturen über 80 Grad Fahrenheit oder darüber angewendet werden.