John Hagees erste Frau hieß Martha. Sie heirateten am 26. August 1960. Sie ließen sich 1975 scheiden, nachdem Hagee sie mit einer anderen Frau betrogen hatte.
John Hagee und Martha hatten während ihrer Ehe zwei gemeinsame Kinder. Die Namen ihrer Kinder sind Christopher und Tish. Hagee heiratete nach der Scheidung von seiner Frau eine junge Frau, Diana Castro, aus der Gemeinde der Charismatischen Gemeinde der Trinity Church in San Antonio. Nach ihrer Scheidung im Jahr 1975 erhielt Martha das Sorgerecht für die beiden Kinder. Während des Sorgerechtsstreits gab Hagee unmoralische Handlungen zu, die in den Gerichtsakten berichtet wurden. Martha hat auch wieder geheiratet und eine neue Familie gegründet.
