Der Samen einer Pflanze ist auch der Pflanzenembryo, der auftritt, wenn ein Pollenkorn in eine Eizelle gelangt und diese befruchtet. Der befruchtete Pflanzenembryo enthält das Samen- und Nährgewebe, das zur Ernährung des Embryos benötigt wird während es zu einer Pflanze heranwächst.
Die Nährstoffe im Samen werden auch als Endosperm bezeichnet und bestehen im Allgemeinen aus Proteinen, Fetten oder Kohlenhydraten. Die Samenanlagen befinden sich mit dem Fruchtknoten einer ausgewachsenen Blütenpflanze. Der Fruchtknoten ist eine große runde Struktur, die sich an der Basis der Blüte befindet. Bei Nadelbäumen und anderen nicht blühenden Pflanzen befinden sich die Samenanlagen in den Schuppen eines Samenkegels, der oft als Tannenzapfen bezeichnet wird. Bei Äpfeln ist der Fruchtknoten der Pflanze die Frucht, die nach der Befruchtung der Eizellen wächst, und von der Blüte bleiben nur die Blätter übrig, die noch an der Frucht haften.
Einige Samen ruhen, bis die Bedingungen für das Wachstum stimmen. Dies schützt die Pflanze davor, zu früh zu wachsen und die Elemente nicht zu überleben. Gärtner verwenden eine Technik namens Stratifikation, um Samen sowohl feuchten als auch kalten Bedingungen auszusetzen.