Pilze sind nützlich für den Menschen als Nahrungsquelle und als wesentliche Unterstützung für andere Arten von Lebensmitteln. Sie stellen wichtige Medikamente her und werden sogar als biologische Insektizide verwendet. Sie sind auch lebenswichtige Zersetzer oder Saprotrophe, die organische Abfälle in nützlichere Formen abbauen.
Zwischen 80 Prozent und 90 Prozent der Bäume und Gräser können ohne eine symbiotische Beziehung mit Pilzen im Boden nicht überleben. Dies macht die Pilze für den Anbau einer großen Mehrheit der Nahrungspflanzen unverzichtbar, auch wenn sie nicht direkt verzehrt werden.
Pilze können auch Nahrungspflanzen schützen, indem sie als Krankheitserreger für Schadinsekten wirken. Die Pilzarten, die dies tun, haben sich so entwickelt, dass sie nur bestimmte Insektenarten angreifen und Pflanzen unversehrt lassen. Sie wachsen durch den Körper der Insekten und tauchen schließlich auf, um ihre Sporen auf andere Käfer zu übertragen.
Pilze sind auch für die Lebensmittelverarbeitung wichtig und sind wesentliche Bestandteile bestimmter Käsesorten sowie bei der Brotherstellung und der Alkoholgärung. Die Blaufärbung von Blauschimmelkäse ist eine Pilzart.
Pilze sind auch eine wichtige Quelle für Antibiotika, Immunsuppressiva, Steroidvorläufer und blutstillende Substanzen. Pilze sind für die Forschung nützlich, weil sie wie Bakterien leicht wachsen, aber in Zellstruktur und Genetik viel näher an Menschen sind.