Pilze vermehren sich auf eine von zwei Arten: asexuell durch Mitose oder sexuell durch Meiose. Die sexuelle Fortpflanzung erfolgt weitaus seltener als die asexuelle Produktion und normalerweise nur, wenn dies zur Anpassung an Umweltveränderungen erforderlich ist.
Asexuelle Fortpflanzung erfolgt durch vegetative Sporen, durch Myzelfragmentierung oder durch Knospung.
Vegetative Reproduktion tritt auf, wenn eine einzelne haploide Zelle durch Mitose Millionen von Sporen produziert, die genetisch mit der ursprünglichen Zelle identisch sind. Diese Sporen werden in einer als Sporangium bezeichneten Struktur inkubiert und durch eine Vielzahl von Mitteln verbreitet, z. Sobald diese Sporen eine lebensfähige Umgebung gefunden haben, beginnen sie zu wachsen und sich zu vermehren.
Myzel-Fragmentierung tritt auf, wenn der Pilz in viele separate Fragmente zerfällt und jedes davon zu einem neuen Organismus heranwächst, der genetisch mit dem Original identisch ist.
Im Gegensatz zu den meisten Pilzen verwendet Hefe eine andere asexuelle Reproduktionsmethode, die als Knospung bekannt ist, bei der ein Nachwuchs gebildet und von der ursprünglichen Zelle abgeschnürt wird.
Aufgrund der Notwendigkeit, sich an neue Umgebungen anzupassen, haben die meisten Pilze auch die Fähigkeit, sich durch Meiose sexuell zu vermehren. Bei diesem Prozess verschmelzen zwei verschiedene Stämme haploider Zellen zu einer diploiden Spore, die als Zygospore bekannt ist. Die resultierenden Nachkommen enthalten genetische Merkmale beider Elternteile.