Die meisten in Kulturmedienplatten gezüchteten Bakterienkolonien haben normalerweise ein weißes, cremefarbenes oder gelbes Aussehen und sind relativ kreisförmig. Einige Kolonien können jedoch ungewöhnliche Merkmale aufweisen. Pilzkolonien wie Schimmelpilze oder der Pilz, der Fußpilz verursacht, sind normalerweise groß, unscharf und nehmen eine andere Farbe an, wenn sie von ihren Zentren nach außen wachsen.
Die spezifischen Merkmale einer Kolonie werden als Morphologie der Kolonie bezeichnet, die bei der Identifizierung der Art hilft. Zusätzlich zu den grundlegenden Merkmalen können einige Kolonien durch eine unregelmäßige, filamentöse oder rhizoide Form identifiziert werden.
Durch Drehen der Kulturschale auf die Seite kann der Beobachter feststellen, ob die Erhebung oder der Querschnitt der Kolonie erhaben, konvex, flach, umbonat oder kraterförmig ist. Ein zusätzlicher Erkennungsfaktor ist die Opazität; die Kolonie kann klar, durchscheinend, undurchsichtig oder schillernd sein.
