Auf individueller Ebene haben Hybridtiere aufgrund ihrer Genetik manchmal Reproduktions-, Gesundheits- oder Verhaltensprobleme. Aus ökologischer Sicht verwischen Hybriden die Artengrenzen und stellen Probleme für den Naturschutz dar.
Eine Hybride ist die Nachkommenschaft von Eltern von zwei verschiedenen Arten oder Unterarten. Viele Arten kreuzen sich aufgrund genetischer oder Verhaltensunterschiede nicht oder können sich nicht kreuzen, um lebensfähige Nachkommen hervorzubringen. In einigen Fällen sind sich jedoch zwei Arten genetisch genug ähnlich, um hybride Nachkommen zu erzeugen. Einige Hybriden, wie Maultiere, sind steril. Maultiere entstehen aus einer Kreuzung zwischen einem weiblichen Pferd und einem männlichen Esel. Während das Maultier selbst ein gesundes Erwachsenenalter erreichen kann, ist es normalerweise nicht in der Lage, eigene Gameten zu produzieren und reproduziert sich nicht.
Ein Liger ist eine Kreuzung zwischen einem weiblichen Tiger und einem männlichen Löwen und ist oft größer als beide Elternteile. Liger sind anfällig für gesundheitliche Probleme und Geburtsfehler, und viele überleben nicht bis ins Erwachsenenalter. Es ist auch für die Tiger schwierig, ihre Hybrid-Jungen zur Welt zu bringen; ihre große Größe kann einen Kaiserschnitt für die Mutter erforderlich machen.
Hybridtiere können auch unvorhersehbares Verhalten zeigen. Ein berühmtes Beispiel ist der Wolfshybrid, eine Kreuzung zwischen einem Haushund und einem Wolf. Es wurden nur wenige von Experten begutachtete Artikel zum Thema Wolfshybridverhalten verfasst, und die Tiere sind von vielen Kontroversen umgeben. Einige Besitzer behaupten, ihre Hybriden seien sanfte, scheue Tiere, während andere Anekdoten darauf hinweisen, dass Wolfshybriden unberechenbar und gefährlich aggressiv sind. Einige der Probleme ergeben sich aus der Tatsache, dass Hunde seit 15.000 bis 30.000 Jahren domestiziert und in dieser Zeit selektiv auf bestimmte Verhaltensmuster gezüchtet wurden, die für die Besitzer von Vorteil sind. Die widersprüchliche Genetik einer Wolf-Hund-Kreuzung führt zu Unvorhersehbarkeit. Wolfshybriden werden ihre Besitzer wahrscheinlich auch als ihr Rudel sehen, und der Besitzer muss darauf achten, sich als dominantes Rudelmitglied zu behaupten.
Ein größeres Problem der Hybridisierung kommt von wilden Hybriden. Einige Arten von wilden Wasservögeln können sich beispielsweise leicht mit einheimischen Artgenossen kreuzen. Dies kann das genetische Wasser einer Art trüben, in manchen Fällen sogar so weit, dass eine Art durch Hybridisierung vom Aussterben bedroht ist. Dieses Problem ist keineswegs auf Wasservögel beschränkt. Die schottische Wildkatze ist aufgrund der Kreuzung mit verwilderten Hauskatzen vom Aussterben bedroht.
