Chlor kann nützliche Mikroorganismen im Boden abtöten und dadurch das Pflanzenwachstum beeinträchtigen; das meiste gechlorte Trinkwasser ist jedoch nicht konzentriert genug, um das Pflanzenleben in einem bestimmten Gebiet zu beeinträchtigen. Dies liegt daran, dass die Vermehrungsrate von Mikroorganismen im Boden so hoch ist, dass sie dazu neigen, sich vor dem Pflanze kann vom Boden negativ beeinflusst werden.
Die meisten Gemeinden fügen dem Trinkwasser kleine Mengen Chlor zu, um die Sicherheit der Bewohner zu gewährleisten. Typisches Trinkwasser enthält nicht genügend Chlor, um nützliche Mikroorganismen im Boden wirklich zu eliminieren, wodurch das Pflanzenwachstum minimal beeinträchtigt wird. Im Boden vorkommende nützliche Mikroorganismen vermehren sich mit so hohen Raten, sodass die Auswirkungen von chloriertem Wasser nahezu unbedeutend sind.
Chlor bindet sich auch an die Oberfläche von Bodenpartikeln, was die Fähigkeit des Chlors, nützliche Mikroorganismen zu zerstören, verringert. Darüber hinaus bindet das Chlor, wenn chloriertes Wasser in niedrigere Bodenschichten absickert, an die Oberflächen dieser Bodenpartikel, was bedeutet, dass das Wasser beim Abwärtsfließen weniger Chlor enthält. Studien zeigen, dass Böden, die gechlortem Trinkwasser ausgesetzt waren, nur eine Verringerung der Mikroorganismen in den oberen 1/2 Zoll des Bodens aufwiesen. Mikroorganismen in Böden, die tiefer als 1 Zoll waren, wurden durch das Chlor nicht beeinflusst.
