Landwirtschaftliche Abfälle können verschiedene schädliche Auswirkungen haben, einschließlich Gesundheitsrisiken und Kontamination der umgebenden Gewässer und der Atmosphäre. Landwirtschaftliche Abfälle können, wenn sie nicht ordnungsgemäß entsorgt werden, kurz- und langfristige Auswirkungen haben auf Ökosysteme, Land und weitere Umgebungen durch Einbringen fremder Giftstoffe in den Boden und das Wasser.
Die Verschmutzung der Landwirtschaft hat mehrere Ursachen. Pestizide und Düngemittel machen den Großteil der landwirtschaftlichen Abfälle aus und umfassen künstliche synthetische Chemikalien und Materialien. Synthetische Verbindungen bauen sich bei Kontakt mit Luft oder Wasser oft nicht biologisch ab und können Jahrzehnte oder sogar ein Jahrhundert lang verweilen. Diese Chemikalien werden auf Getreidefelder gesprüht, um Insekten fernzuhalten und als Abfluss in Bäche und Gewässer zu gelangen. Verunreinigtes Wasser ist eine weitere Hauptwirkung von landwirtschaftlichen Abfällen; Wasser wird durch Düngemittel- und Pestizidrückstände sowie Krankheitserreger wie Viren und Bakterien verunreinigt, die in Trinkwassersysteme gelangen können. Laut Conserve Energy Future ist die Verschmutzung durch die Landwirtschaft eine der Hauptursachen für die Verschmutzung von Gewässern und Seen, da Chemikalien und Giftstoffe in das Grundwasser gelangen, wenn sie sich auf dem Grund dieser großen Gewässer absetzen. Die Anhäufung dieser Stoffe führt letztendlich zu Gesundheitsproblemen wie dem Blue-Baby-Syndrom und neurologischen Erkrankungen. Landwirtschaftliche Abfälle können sich auch negativ auf Wassertiere und -pflanzen auswirken, da Düngemittel, Dünger, Ammoniak und Abfälle in die lokale Umgebung gelangen und Ökosystemprozesse stören.