Es gibt zwei Hauptarten der Aquakultur, nämlich Süßwasser- und Meeresaquakultur. Aquakultur wird auch als Schalentierzucht oder Fischzucht bezeichnet und umfasst den gesamten Prozess der Zucht, Aufzucht und Ernte verschiedener Organismen in Gewässern. Aquakultur beinhaltet die Reproduktion zahlreicher Organismen, darunter viele Pflanzenarten und Wassertiere.
Marine Aquakultur ist der Prozess der Aufzucht von Fischen und Wasserpflanzen in Meerwasserhabitaten. In den Vereinigten Staaten umfasst die marine Aquakultur im Allgemeinen die Produktion von Schalentieren wie Austern, Mies- und Venusmuscheln sowie von Fischen wie Lachs, Kabeljau, Wolfsbarsch, Goldbrasse und Moi. In Meeresumgebungen beinhaltet die marine Aquakultur im Allgemeinen das Aufstellen von Käfigen auf dem Meeresboden oder das Aufhängen großer Käfige an künstlichen Strukturen wie Netzen und großen Bojen. Ozeanumgebungen können auch in terrestrischen Umgebungen mit künstlichen Geräten wie kleinen Teichen oder ausgebaggerten Seen simuliert werden.
Die Größe von Aquakultursystemen variiert stark; einige Systeme sind klein genug, um kleine Populationen zu züchten, während andere verwendet werden, um Pflanzen und Tiere für den kommerziellen Verkauf zu produzieren. Süßwasser-Aquakultursysteme können Arten hervorbringen, die in bestimmten Süßwasserlebensräumen wie Bächen, Seen und Flüssen heimisch sind. In den USA umfasst die Süßwasser-Aquakultur normalerweise die Aufzucht von Wels-, Barsch-, Forellen- und Tilapia-Arten.