Der Wiederaufbau des Präsidenten, wie er von Abraham Lincoln vorgestellt und von Andrew Johnson durchgeführt wurde, war viel sanfter und nachsichtiger als die rachsüchtigen und sozial transformierenden Maßnahmen des Wiederaufbaus des Kongresses. Johnsons nachsichtigerer Ansatz gegenüber der Nachkriegszeit Politik brachte ihn ständig in Konflikt mit den radikalen Republikanern, die den Kongress dominierten.
Die University of Notre Dame beschreibt den Wiederaufbau des Präsidenten als Absicht, die nationale Einheit und die Lebensfähigkeit des Südens schnell wiederherzustellen. Wichtige Elemente des Wiederaufbaus des Präsidenten waren die Wiederherstellung des gesamten Eigentums an ehemalige Konföderierten, die den Vereinigten Staaten die Treue erklärten, und die Gewährung größerer wirtschaftlicher Möglichkeiten für die Freibauern. Johnson legte auch sein Veto gegen den Gesetzentwurf zur Erneuerung des Freedmen's Bureau ein, einer Bundesbehörde, die in Not geratenen ehemaligen Sklaven half.
Unter Johnsons Präsidentschaftsrekonstruktion blieben Freigelassene entrechtet, Schwarze wurden aus der Bundesarmee vertrieben, südliche Milizen wurden unter der Führung der ehemaligen Konföderierten gebildet und im Süden wurden die höchst diskriminierenden Black Codes erlassen.
Als Reaktion auf die Unwirksamkeit von Johnsons Politik hat der Kongress ein eigenes Gesetz zum Wiederaufbau erlassen. Der Wiederaufbau des Kongresses sollte den Süden bestrafen und eine soziale Revolution schaffen, die den Schwarzen zugute kommt. Im Jahr 1865 weigerten sich die Republikaner des Kongresses, die Vertreter des Südens anzuerkennen. Beide Kammern des Kongresses bildeten einen gemeinsamen Ausschuss, um festzustellen, ob die Südstaaten eine Vertretung verdienen. Der Kongress hat auch die Vetos von Präsident Johnson gegen das Freedman's Bureau und den Civil Rights Act außer Kraft gesetzt, ein Gesetz, das Schwarzen volle Staatsbürgerschaftsrechte einräumte.
