Stromatolithen sind große Gesteinsformationen, die durch das Wachstum mehrerer Bakterienschichten über einen sehr langen Zeitraum gebildet wurden. Diese haben normalerweise die Form von Hügeln, Säulen und Platten. Cyanobakterien, einzellige Mikroben, die Photosynthese betreiben können, entwickeln sich zu diesen Stromatolithen. Es gibt viele verschiedene Schichten für die verschiedenen Arten von Formationen, die Stromatolithen annehmen können.
Stromatolithen entstehen, wenn sich die Bakterien, die in bestimmten Regionen vorkommen, weiter anhäufen und Schicht für Schicht bilden. Dies geschieht meist in Gebieten, in denen viele verschiedene Cyanobakterien vorkommen und die natürlichen Bewegungen der Umgebung für diese Art der Schichtbildung geeignet sind. Orte mit viel Wasser, wie Seen, Flüsse und sogar einige Bodenarten, beherbergen oft Cyanobakterien. Obwohl Stromatolithen aus Bakterien bestehen, sind sie vollständig prokaryotisch, haben also keine DNA.
Die Bildung von Stromatolithen dauert sehr lange, da es sich um einen extrem allmählichen Prozess handelt, der Tausende und Abertausende dieser Bakterien erfordert. Moderne Stromatolithen werden durch die Beweidung durch Schnecken, Würmer und andere Tierarten zerstört, die von den einzelligen Organismen, aus denen sie bestehen, überleben können.