Organismen, die als Archaebakterien klassifiziert werden, haben Zellwände, enthalten Fettsäuren, besitzen eine komplexe RNA-Polymerase und verfügen über ein Stoffwechselsystem. Diese Merkmale unterscheiden Archaebakterien von anderen Organismen. Einige Eigenschaften werden jedoch mit Organismen in anderen Königreichen geteilt, darunter Eukaryoten und Bakterien.
Alle Archaebakterien haben Zellwände, aber die Struktur der Wände variiert je nach Art. Archaebakterien fehlt Peptidoglycan, was sie von eng verwandten Organismen im Königreich Bakterien unterscheidet. Archaebakterien haben Membranlipide, die aus Fettsäuren bestehen, und besitzen eine komplexe RNA-Polymerase, um DNA-Matrizen in RNA-Produkte zu transkribieren und zu kopieren. Archae verdauen auch über ein System des inneren Stoffwechsels, das in mehreren Stufen abläuft.
