Pilze können in einer Vielzahl von Lebensräumen leben, die entweder als marine oder terrestrisch klassifiziert werden: im Boden, im Wasser sowie auf Pflanzen und Tieren. Es gibt Hinweise darauf, dass sich einige Pilze eng mit ihren . entwickelt haben Partnerpflanze oder -tier, um eine produktive symbiotische Beziehung zu entwickeln. Pilze, zu denen Hefen, Pilze und Schimmelpilze gehören, werden getrennt von Pflanzen, Tieren und Bakterien klassifiziert.
Pilze fungieren als Zersetzer und können sogar giftige Substanzen abbauen. Wenn Pilze Nährstoffe aus einem noch lebenden Organismus aufnehmen, können die Pilze als Parasiten betrachtet werden. Da Pilze so extrem anpassungsfähig sind, gedeihen sie in sehr unterschiedlichen Umgebungen auf der ganzen Welt. Einige Pilze leben in Wüsten, andere in hydrothermalen Quellen tief unter der Meeresoberfläche. Mykorrhizapilze kommen im Boden vor und gewinnen Nährstoffe aus den Wurzeln von Pflanzen oder den Resten von verrottenden Pflanzen. Andere im Boden vorkommende Pilze (Ruderale) sammeln ihre Nährstoffe aus dem Regenwasser. Einige Pilze, wie Schimmelpilze, gedeihen am besten an dunklen, feuchten Orten und können für den Menschen ständig reizend sein (insbesondere in Formen wie Schwarzbrotschimmel). Auf der anderen Seite können Pilze – die eigentlich die Frucht bestimmter Pilzarten sind – eine leckere Beilage zu einer Mahlzeit sein.
