Nachdem er Jill Rhodes 1992 kennengelernt hatte, heiratete Sean Hannity sie 1993, trotz des Widerstands ihres Pastors und ihrer Mitarbeiter. Das Paar hat seit 2015 zwei gemeinsame Kinder.
Im Jahr 1992 arbeitete Hannity in Huntsville, Alabama, wo er seine eigene Nachmittags-Radiosendung hatte. Er organisierte eine Bürgermeisterdebatte in der Stadt, wo er Rhodes, einen Schriftsteller für die Huntsville Times, traf. Die beiden waren drei Monate lang zusammen, und als Hannity ein Angebot für eine Talk-Radiosendung in Atlanta, Georgia, annahm, bat er sie, mit ihm umzuziehen. Sie stimmte zu, unter der Bedingung, dass sie heiraten.
Hannity geriet während der Eheberatung in einen politischen Streit mit dem Pastor des Paares, als Hannity dem Pastor sagte, dass die Kirche zu liberal geworden sei, und der Pastor Rhodes sagte, sie sei verrückt, Hannity zu heiraten. Ihre Mitarbeiter bei der Zeitung empfahlen ihr auch, ihn wegen seines Jobs als Radiomoderator nicht zu heiraten. Trotzdem heiratete das Paar am 9. Januar 1993. Hannity hat erklärt, dass der Pastor auch viele Freunde des Paares geheiratet hat, aber Hannity und Rhodes sind die einzigen Paare, die noch verheiratet sind.
Das Paar hat einen Jungen und ein Mädchen. Ihr Sohn Patrick wurde 2005 geboren. Ihre Tochter Merri Kelly wurde 2008 geboren.
