ATX- und BTX-Motherboards sind etwas anders gebaut, wobei die Steckplätze in unterschiedlichen Bereichen positioniert sind und der Abstand zwischen dem Motherboard und dem PC-Gehäuse beim BTX vergrößert wurde. Vom Layout her spiegelt das BTX-Motherboard das ATX-Motherboard. Der BTX bietet links Platz für die Installation, rechts Leerräume für Kabel, und der ATX ist umgekehrt ausgelegt.
Im Jahr 2004 kündigte Intel die Entwicklung des BTX-Motherboards an, das den damaligen ATX-Standard ersetzen sollte. Der BTX versprach eine verbesserte interne Belüftung, um höheren Taktraten und mehr Komponenten, die mehr Wärme erzeugen, entgegenzuwirken. Die Einführung des BTX-Motherboards war ein Versuch, die Formate kleiner Motherboards zu standardisieren.
Aufgrund des Layouts und der strukturellen Unterschiede zwischen den BTX- und ATX-Motherboards können diese nicht in Wechselgehäuse eingebaut werden. Außerdem verwendet das BTX-Motherboard PCI-Express-Steckplätze mit einem 24-Pin-Stecker, während das ATX einen 20-Pin-Stecker verwendet.
Der ATX wurde 1995 eingeführt, aber es dauerte zwei Jahre, bis er zum Standard wurde. Der BTX konnte keinen ähnlichen Verkaufserfolg erzielen, teilweise aufgrund des mangelnden Interesses der Benutzer an dem verbesserten Kühlsystem. Dell und Gateway haben jedoch beide BTX-Produkte veröffentlicht.
