Gelelektrophorese ist ein Verfahren zur Trennung von Biomolekülen unterschiedlicher Größe, indem sie mit Strom durch eine siebartige Matrix geleitet werden. Die größeren Moleküle bewegen sich langsamer, während kleinere Moleküle durch die Matrix gleiten und sich schneller und weiter bewegen, wodurch die verschiedenen Fragmente nach Größe getrennt werden.
Der erste Schritt bei der Gelelektrophorese besteht darin, die Gelmatrix festzulegen. Agarose wird verwendet, um DNA-Moleküle zu trennen, und Acrylamid wird verwendet, um Proteine zu trennen. Das Gel beginnt als Flüssigkeit, die in eine Formschale gegossen wird. Ein Kamm wird in die flüssige Matrix gelegt, so dass, wenn die Matrix erstarrt, Vertiefungen gebildet werden, um Proben darin zu laden. Sobald das Gel erstarrt ist, wird es aus der Form genommen und in eine spezielle Apparatur gegeben, in die Strom angelegt werden kann. Ein Puffer, der als Stromleiter fungieren kann, wird um die Matrix gegossen.
Die Proben von Biomolekülen werden normalerweise mit einer Substanz hoher Dichte (einem viskosen Farbstoff) gemischt, damit sie auf den Boden der Vertiefung sinken, anstatt im Puffer zu verschwimmen. Der Farbstoff hilft auch, den Fortschritt des Experiments zu verfolgen. Jede Probe wird in eine separate Vertiefung geladen. Eines der Wells wird normalerweise zum Laden eines Markers zugewiesen, der einen Satz von Fragmenten enthält, deren Größe bereits bekannt ist, um einen Vergleich mit den geladenen Proben zu ermöglichen.
Wenn der Strom eingeschaltet wird, neigen die Proben dazu, sich in Richtung der positiv geladenen Seite der Apparatur zu bewegen, da das Phosphat-Rückgrat der Moleküle ihnen eine negative Ladung verleiht. Nachdem die Proben eine ausreichende Strecke zurückgelegt haben, wird die Matrix untersucht, um die Banden zu sehen, die durch die Trennung der Moleküle gebildet werden.
