Der Kontakt mit Kieselgur kann sowohl positive Nebenwirkungen haben, wie das Entfernen von Parasiten, als auch negative Nebenwirkungen, wie Augen- oder Lungenreizungen. Die Nebenwirkungen von Kieselgur variieren je nach den spezifischen Expositionsbedingungen.
Diatomeenerde ist eine staubartige Substanz, die typischerweise in Haus und Garten verwendet wird, um Spinnen und ähnliche Schädlinge zu entfernen. Wenn der Staub in die Luft gelangt, kann er in die Schleimhäute einer Person eindringen und Augenreizungen verursachen, oder das Pulver kann eingeatmet werden und Husten und andere Lungenreizungen verursachen. Amorphe und kristalline Kieselgur kann kurz- oder langfristige Nebenwirkungen verursachen, wenn der Staub in die Augen gelangt oder durch Nase oder Mund eingeatmet wird.
Kieselgur in Lebensmittelqualität soll laut Processed-Free America einige gesundheitliche Vorteile haben, wenn sie in kleinen Mengen verzehrt wird. Einige der positiven Nebenwirkungen können beispielsweise die Entfernung von Parasiten, die Senkung des Cholesterinspiegels und die Verbesserung der Verdauung sein. Der Wirkstoff in Kieselgur ist Kieselerde, ein Nährstoff, den der menschliche Körper benötigt.
Kristalline Diatomeenerde ist für den menschlichen Verzehr nicht sicher und kann schädliche Nebenwirkungen haben, wie beispielsweise Bronchialreizung, die auftritt, wenn kristalline Diatomeenerde eingeatmet wird. Amorphe Diatomeenerde in Lebensmittelqualität ist für die meisten Anwendungen sicher und wird normalerweise nicht mit langfristigen negativen Nebenwirkungen in Verbindung gebracht. Kristalline Kieselgur erhöht jedoch nachweislich das Risiko für einige Krebsarten bei wiederholter Langzeitexposition, so das National Pesticide Information Center.