Die Nachteile der rekombinanten DNA-Technologie werden grob in kommerzielle und ökologische Belange eingeteilt. Themen wie die Schaffung einer Monokultur und die Kontrolle modifizierter Organismen durch Unternehmensinteressen sind weit verbreitet und komplex.
Es bestehen große Bedenken hinsichtlich des Eigentums an genetisch veränderten Organismen durch Unternehmen. Diese Entitäten halten in vielen Fällen Patente auf die genetischen Informationen dieser Organismen, was Fragen nach der Fähigkeit aufwirft, die Bausteine des Lebens zu besitzen und zu gesetzgeben. Dass die Kontrolle im Unternehmenssektor liegt, wirft auch viele Fragen zu Ethik, wirtschaftlichen Anreizen und anderen Praktiken auf.
Eine Monokultur ist eine Population von Organismen, die effektiv aus Kopien oder Klonen besteht. Diese Organismen werden auf genau die gleiche Weise anfällig gemacht, was bedeutet, dass eine einzelne Krankheit oder ein einzelner Schädling sie möglicherweise vollständig auslöschen könnte. Es wird als unerlässlich angesehen, Reservekulturen anzulegen und zu halten, die in einem solchen Fall dazu dienen könnten, die Vorräte aufzufüllen und die Produktion zu retten.
Zu den weiteren Bedenken im Zusammenhang mit der Verwendung rekombinanter DNA gehören die anhaltende Angst vor Kreuzkontaminationen und die Migration proprietärer DNA zwischen Organismen. Widerstandsfähige Pflanzen könnten theoretisch zu widerstandsfähigen Unkräutern führen, die sehr schwer zu bekämpfen sind. Rekombinante Organismen, die natürliche Umgebungen kontaminieren, ist ein weiteres Problem.
