Zu den Nachteilen der Raumfahrt gehört, dass die NASA Geld für Projekte ausgibt, wenn sie sich nicht bewusst ist, auf wie viel kommerzielle Investitionen sie sich verlassen kann, dass bei jeder Mission Risiken für die menschliche Sicherheit bestehen und bestimmte Umlaufbahnen sehr langsam sind. Darüber hinaus können Änderungen bei der Finanzierung der Raumfahrt es Studenten erschweren, Astronauten zu werden.
Obwohl die NASA jetzt mit privaten Unternehmen bei der Finanzierung der Raumfahrt zusammenarbeitet, gibt es keine Garantie dafür, dass private Unternehmen investieren können. Obwohl viele Interesse zeigen, kann dies bedeuten, dass die NASA mit der Arbeit an Projekten beginnt, die dann ohne kommerzielle Finanzierung bleiben. Zeigen nur wenige Privatunternehmen eine Investition, wird die Vertragsgestaltung ineffizient. Darüber hinaus ist die Raumfahrt unsicher, mit historischen Tragödien wie dem Verlust von Challenger 1986 und Columbia 2003. Weitere Verluste könnten Menschenleben und den Ruf der Raumfahrt schädigen und zu restriktiven Vorschriften führen.
Logistisch sind einige Aspekte der Raumfahrt eine Herausforderung. Da Schiffe nur begrenzte Mengen an Treibstoff transportieren können, sind sie auf Planetenbahnen und Gravitationsschübe angewiesen, um Missionen abzuschließen. Diese Transfers begrenzen auch die Anzahl der Starts, die ein Schiff machen kann. Zum Beispiel ist der Erde-Mars-Transfer nur alle 2 Jahre verfügbar und der Erde-Jupiter-Transfer ist alle 13 Monate verfügbar. Beide sind langsam.
Da die Bundesregierung die Finanzierung von Raumfahrtprogrammen auf private Quellen verlagert, haben Studenten weniger Möglichkeiten, Astronauten zu werden. Normalerweise treten sie nach einer Karriere bei der Luftwaffe in das Programm ein, aber weniger Bundesmittel bedeuten geringere Chancen dafür.