HPLC, Hochleistungs-Flüssigkeitschromatographie, hat nur sehr wenige Nachteile, aber diese wenigen sind geringe Empfindlichkeit, schwierig zu reinigen und die Geräte sind sehr teuer. Die Funktion, Verwendung und Genauigkeit eines HPLC-Geräts ist einem GC oder einer Gaschromatographie sehr ähnlich.
Die in einem Hochleistungs-Flüssigkeitschromatographiegerät verwendeten Proben sind normalerweise größer als die eines Gaschromatographiegeräts. Trotz der vielen Nachteile gibt es auch zahlreiche Vorteile. Die Geräte sind präziser als andere Geräte und können ein breiteres Spektrum an Verbindungen analysieren, obwohl das GC-Gerät mit komplexeren Mischungen besser abschneidet als die HPLC-Geräte.