Das Zoologiemuseum der Michigan University weist darauf hin, dass die Hauptfeinde oder Raubtiere der Kaiserpinguine Riesensturmvögel, antarktische Raubmöwen, Seeleoparden und Schwertwale sind. Sturmvögel und Raubmöwen, beides Kaltwettervögel, ernähren sich von Küken in Pinguinkolonien. Schätzungen gehen davon aus, dass 7 bis 34 % der Küken zur Beute werden.
Seeleoparden jagen junge Pinguine, wenn sie ins Meer gehen, aber auch erwachsene Kaiser sind Zielscheiben. Killerwale neigen dazu, ausgewachsene Vögel zu jagen. Kaiserpinguine halten Ausschau nach Raubtieren und warnen andere in ihren Kolonien, wenn Gefahr droht. Darüber hinaus gibt National Geographic an, dass Kaiserpinguine, wenn sie im Wasser sind, zu plötzlichen, kurzen Geschwindigkeitsstößen fähig sind, die ihnen helfen, Robben zu entkommen.
