Abiotische Faktoren sind die unbelebten Teile eines Ökosystems. Die abiotischen Faktoren der Antarktis sind die niedrigen Temperaturen, die geringe Niederschlagsmenge und der polare Eisschild. Abiotische Faktoren arbeiten mit den biotischen oder lebenden Faktoren zusammen, um das Ökosystem zu formen.
Die Antarktis ist eine Polarwüste. Es erhält weniger als 50 Millimeter Niederschlag pro Jahr und die relative Luftfeuchtigkeit sinkt auf 0,03 Prozent. Die Antarktis behält ihre Eisdecke unter diesen Bedingungen, weil nur sehr wenig Schnee und Eis schmilzt oder sublimiert. Stattdessen sammelt es sich im Laufe der Zeit weiter an und bildet den dicken Eisschild.
Neben den Lebensräumen der Ozeane und Eisschilde verfügt die Antarktis über ein blühendes Ökosystem von Unterwasserseen. Diese Seen sind durch den Eisschild vor der Kälte geschützt und seit mindestens 120.000 Jahren weder Sonnenlicht noch freier Luft ausgesetzt. Einige wissenschaftliche Schätzungen legen ihre Entstehung bis zu einer Million Jahre zurück. Diese Seen bilden das größte unerforschte Ökosystem der Welt und bedecken 9 Prozent der Landmasse der Erde.
Es wurde bestätigt, dass Archaeen und Bakterien in diesen Seen leben, und es werden Bedingungen angenommen, die Protisten unterstützen. Es besteht die Möglichkeit, dass kleine Würmer und Arthropoden in diesem Ökosystem überleben können, aber das Nahrungsangebot in den Seen würde größere Organismen nicht ernähren.