Laut dem College of DuPage ist jede der verschiedenen Zellen, aus denen Pflanzen, Tiere, Pilze und Protisten bestehen, eukaryontisch. Dazu gehören die Hautzellen des Menschen oder die Xylemzellen von Bäumen. Eukaryontenzellen sind evolutionär weiter fortgeschritten als prokaryontische Zellen, da Eukaryonten typischerweise einen membrangebundenen Kern enthalten, der Prokaryonten fehlt. Außerdem besitzen eukaryotische Zellen viele verschiedene Organellen, die prokaryotischen Zellen fehlen.
Laut Georgia State University trat die basale Aufspaltung im evolutionären Baum des Lebens auf, als eukaryotische Zellen entstanden. Bakterien und Archaebakterien sind prokaryontische Organismen, während alle lebenden Organismen, die weiter fortgeschritten sind, eukaryontisch sind. Einige der Fortschritte, die in der Evolution eukaryotischer Organismen beobachtet wurden, umfassen lineare statt kreisförmige DNA und die Entwicklung zahlreicher Organellen im Zytoplasma der Zelle. Die lineare DNA eukaryontischer Zellen findet sich hauptsächlich im Zellkern. Eukaryontische Zellen verfügen über eine Reihe von inneren Organellen, von denen jede eine unterschiedliche Funktion ausübt. Zum Beispiel produzieren die Mitochondrien Energie für die Zelle.
Laut About.com haben Mitochondrien viele Eigenschaften, die sie prokaryotischen Zellen ähneln. Mitochondrien haben ihre eigene DNA, die ähnlich wie die meisten Prokaryonten kreisförmig angeordnet ist. Neben der Energieversorgung der Zelle spielen Mitochondrien eine Rolle bei Zellteilung, Wachstum und Tod.