Indische Tinte, Kongorot und Eosin können als alternative Farbstoffe anstelle von Nigrosin für negative Färbungen verwendet werden. Tusche funktioniert gut, aber ihre winzigen Partikel verursachen Brownsche Bewegung, was die Identifizierung der Bakterien erschwert etwas schwierig.
Negative Färbungen färben keine Bakterienzellen, die negativ geladen sind, sondern den Hintergrund um die Zellen herum. Unter dem Mikroskop erscheinen die Zellen als farblose Umrisse vor einem dunklen Hintergrund. Diese Färbemethode wird verwendet, um Proben zu untersuchen, die nicht mit Alkohol oder Hitze fixiert werden dürfen, damit die Betrachtung einer lebenden Zelle möglich ist.
Einige Bakterien haben extrazelluläre Strukturen, die als Kapseln bezeichnet werden und durch Waschen und Erhitzen leicht zerstört werden. Um festzustellen, ob die Probenbakterien Kapseln haben, wird eine milde Technik mit negativer Färbung verwendet.
