Geografische Isolation bezieht sich darauf, dass zwei Populationen derselben Art aufgrund einer physischen Barriere voneinander getrennt sind. Diese Trennung der Population tritt auf, wenn ein Gewässer oder Land einen Lebensraum bildet und teilt. Geografische Isolation einer Art kann auch auftreten, wenn Tiere auf eine isolierte Insel wandern.
Ein Beispiel für eine getrennte Population bis hin zur geografischen Isolation sind die amerikanischen Finken, die auf die hawaiianischen Inseln ausgewandert sind. Von dieser ursprünglichen Finkenpopulation sind 23 neue Arten von Geigenläufern ein Beweis für die Artbildung aufgrund der geografischen Isolation.
Geografische Isolation kann jedoch auch zu einer Verringerung des Genflusses führen, da diese getrennten Populationen von Tieren oder Organismen sich nicht paaren und genetisches Material austauschen können. Wissenschaftler glauben, dass geografische und reproduktive Isolation die Ursachen für die Bildung neuer Arten sind.