Eine Nested-Polymerase-Kettenreaktion oder Nested-PCR ist eine Änderung der Standard-Polymerase-Kettenreaktion mit dem Ziel, Kontaminationen einzudämmen. CLCSupport erklärt, dass die Kontamination durch nicht spezifizierte Bindung innerhalb von Produkten auftritt .
Eine solche Bindung tritt auf, wenn unerwartete Primer-Bindungsstellen amplifiziert werden. Dies wird als Fehlzündung bezeichnet. Die Idee hinter der Verschachtelung besteht, wie das National Center for Biotechnology Information erklärt, darin, die äußeren Teile der Polymeraseketten auf große Fragmente zu untersuchen. Diese Fragmente enthalten die erwarteten kleinen Fragmente und können ohne Mehrdeutigkeit amplifiziert werden. Sobald die äußeren Fragmente amplifiziert sind, können die inneren mit viel weniger Kontamination amplifiziert werden.
